吸入空氣中的灰塵被阻隔在濾清器中，以避免壓縮機被過早的磨損和油分離器被阻塞，通常在運轉1000個小時或一年后，要更換濾芯，在多灰塵地區，則更換時間間隔要縮短。濾清器維修時必須停機，為了減少停車時間，建議換上一個新的或已清潔過的備用濾芯。

空壓機濾芯清潔步驟如下
a. 對著一個平的面輪流輕敲濾芯的兩端面，以除去絕大部分重而干的灰沙。
b. 用小于0.28MPa的干燥空氣沿與吸入空氣相反的方向吹，噴嘴與折疊紙少相距25毫米，并沿其長度方向上、下吹。
c. 如果濾芯上有油脂，則應在溶有無泡沫洗滌劑的溫水中洗，在此溫水中至少將濾芯浸漬15分鐘，并用軟管中的干凈水拎洗，不要用加熱方法使其加速干燥，一只濾芯可洗5次，然后丟棄不可再用。
d. 濾芯內放一燈進行檢查，如發現變薄，針孔或破損之處應廢棄不用。